تم إنشاء القسم في العام 1993 الهدف هو ربط العلوم الرياضية والحاسوبية بأصولها الإسلامية وتخريج طلاب مؤهلين بالعلم والإيمان ، في العام 1998م تم تطوير المقررات لتصبح درجة البكلاريوس الممنوحة من القسم (بكلاريوس رياضيات وعلوم الحاسوب ) بدلا من الرياضيات فقط . ويمتاز القسم بتخريج طلاب لهم مقدرات عالية في العلوم الرياضية المحوسبة ومعالجتها ودراساتالحاسوب  والتحليل ، وتحليل  النظم